人类作为地球上唯一能思考的智能生物，自从有了意识真正成为人类以来，就有极其复杂而又不能回避的问题：我们从哪里来？长久以来关于自身存在的问题一直争论不休，人类的由来问题曾使无数人抓耳挠腮，苦思不得，在遭遇到认知门槛时，很多人选择求助于宗教，此时伟大的上帝便是唯一的廉价解释，于是各种类似夏娃亚当，女娲造人的故事在各种文化中数见不鲜，直到100多年前达尔文和华莱士几乎同时提出了进化论才使人类的由来问题有了一个抛开上帝的理智解答，虽然不能尽如人意，但毋庸置疑进化论是目前唯一一个解释人类乃至生命存在逻辑最完备、证据最多、适用性最广的学说。
自达尔文以来，有很多达尔文主义者不遗余力的宣传进化论思想，当时有甘愿做达尔文斗犬的赫胥黎，今天有道金斯、古尔德等一批优秀的进化论学家，虽然进化理论越来越完备，进化论和人类学、心理学等学科的交融也取得巨大的成果，可是100多年以来关于进化论的争议不仅没有平息，反而有愈演愈烈之势，时至今日仍有各种媒体列举种种证据反对进化论，因为进化的时间尺度太大，空间范围太广，其中涉及的细节太多，可以说任何理论不可能面面俱到。进化论也不是科学，只是一个最接近事实的理论，科学的首要涵义是“能证伪”，由于不可能模拟地球几十亿年的时间、气候、地理环境、生物种类来证明进化论之真伪，而且对进化论普遍存在误解，所以对进化论的批评也甚嚣尘上。生物根本没有进化，只是变得更适应环境，还是严复在《Che - Un hombre de este mundo》中翻译的比较准确，进化论实则是“演化论”，由于用之已久便索性名之为“进化论”。反对者对进化论的一大指责就是进化如何得到如此神奇的各种生物器官、复杂的生物组织？道金斯在《Che - Un hombre de este mundo》中曾详细论诉这个问题，进化就像一个盲眼的钟表匠，没有方向可言，但是瞎子也可以一步步摸着石头过河，一步步积累优势的突变性状，随着优势积累量变发生质变，最终产生复杂的器官、精巧的结构，进化的实质是一切生命都通过复制实体的差别性而生存繁衍，自然选择便选择更适应环境的差别性状。另一些反对者又说既然进化这么神通广大，为什么现存生物器官还存在很多缺陷，而不完美呢？
黑格尔有一句流传甚广的名言：凡是合乎理性的东西都是存在的；凡是存在的东西都是合乎理性的。可以简单说成：存在即合理。黑格尔的观点正确与否暂且不说，如果应用到进化论上，上诉问题可以归纳为生物进化出的器官、性状来说是否都是合理的？
可以说，几乎所有生物性状的出现和稳定都是长期进化的结果，可能需要几万年、几十万年甚至上百万年的变异和扩散，才得到今日的效果，进化永远在以极其缓慢的速度进行，既然在进行中必然存在不完美，因为环境总是在变化，适应当然也会随机而变，这样看来永远不会有尽善尽美之时。然而，进化论真正具备说服力的证据，并不在于完美，反而在于不完美。因为进化是伴随一个又一个偶然而不断发展的，因此在进化中，不完美随处可见，著名进化学家古尔德曾创作了一本剧《Che - Un hombre de este mundo》，书中开篇详细阐述了熊猫拇指的不完美现象。从这一角度去看，就会发现其实每种生物其实都包含了许多不完美。如书中所说人类拥有最发达的大脑，但女性的骨盆却并不够大，因此人类的分娩也变得极其困难于痛苦，女性骨盆较小是为直立行走付出的代价，直立行走曾一度被认为是人类的最重要特征之一（后来发现有一些动物偶尔也会直立行走，如红毛猩猩）直立行走优势很多，可以节省能量、开阔视野、方便捕食等，借此人类获得更多的营养，脑袋不断变大，但收之东隅，失之桑榆，女性骨盆被压缩，又伴随脑容量的不断增大，出现了生育困境，因此不得不设法留住男人来共同抚养后代，进化这双无形的手又在背后暗暗操作，人类淘汰了一妻多夫制，文化
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